El programa de Mejora de la Raza se estructura de forma piramidal, organizando la población total en tres estratos:

Núcleo Selectivo - En él se genera todo el progreso genético de la raza y está formado por las ganaderías de élite.

Segundo Estrato - Ganaderías de la Federación que no cumplen todos los requisitos necesarios para formar parte del núcleo selectivo. Bien sea por su desconexión genética, su escaso desarrollo tecnológico, o simplemente por la ausencia de actitud participativa.

Tercer Estrato - Formado por ganaderías no adscritas a la Federación o adscritas pero sin ejecutar ningún tipo de actividad además el Libro Genealógico.

Las ganaderías del Núcleo Selectivo son las de mayor implicación en la mejora genética de la Raza. La característica principal de éstas, es el hecho de estar conectadas genéticamente entre sí, utilizando para ello la herramienta de la inseminación artificial. Todas las herramientas de mejora son aplicadas en estas ganaderías, consiguiéndo de este modo el desarrollo del Programa de Mejora de la Raza:

• Identificación e inscripción de reproductores en el Libro Genealógico.
• Realización de Control de Rendimiento Lechero Oficial.
• Realización de Inseminación Artificial con los machos presentes en los centros de mejora colaboradores.
• Calificación Morfológica Lineal de todos los reproductores.
• Realización de test de paternidad mediante técnicas de análisis de ADN, de todos sus reproductores.
• Sometimiento de todos los reproductores a la evaluación genética anual. Con optención de los valores genéticos para cada individuo.